第一幕》

很久很久以前。日和夜，陰和陽，受到奇怪的詛咒而徹底分成日的世界與夜的世界。日夜再也不交替，萬物深受其苦。在遙遠東方有一個小國的王子塔米諾，出發去冒險，希望能找到拯救人民的方法。途中塔米諾遇到了一條大蛇，逃跑不支昏迷的時候，為夜之女王的三位侍女所救。但塔米諾醒來後，見到的卻是一個快樂的捕鳥人巴巴吉諾。捕鳥人正向他吹噓是自己殺死大蛇，三位侍女現身，處罰了說謊吹噓的帕帕基諾，並且告訴塔米諾有關帕蜜娜公主的事情，她是夜之后的女兒，被邪惡祭司薩拉斯妥綁架囚禁。塔米諾看了帕米娜的畫像，一見鍾情，發誓要救美。

此時夜后親自現身，像塔米諾訴說失女之痛，並承諾將女兒許配給他。夜后送給王子一支魔笛，給帕帕基諾一支魔鈴，說是可以逢凶化吉的寶物，並且叫三個小仙童帶路，送他們去救回公主。

換景後帕米娜公主登場，她被奴隸看守摩諾斯塔托斯騷擾，想要逃脫卻失敗。摩諾撞見闖入的帕帕基諾，被對方全身是羽毛的樣子嚇跑，意外救了公主。帕帕基諾告訴帕米娜有關塔米諾王子將來救她的事情。與帕帕基諾失散的塔米諾王子，來到祭司薩拉斯妥的日之國度門前，有三個入口，塔米諾嘗試通過但都被不明的聲音斥退。第三次他與一位智者對話，智者告訴他夜之后的邪惡與薩拉斯妥的光明。智者告訴他帕米娜還活著，塔米諾決心接受考驗以進入日之國度。

在等待中，塔米諾吹起魔笛，想念著帕米娜。遠處傳來帕帕基諾以排笛聲相應和，塔米諾便循聲而去。帕米娜和帕帕基諾聽到王子的笛聲，興奮地加速逃跑。摩諾斯塔托斯卻從後面帶著一群奴隸追來。帕帕基諾情急之下搖起魔鈴，結果奴隸們聽到魔鈴都快樂地跳起舞來忘記了追捕而遠離。危機暫時解除。沒想到碰上薩拉斯妥到來。帕帕基諾嚇得想要躲起來，公主則向薩拉斯妥交待為何逃跑。薩拉斯妥寬恕了帕蜜娜，但不准她回夜后身邊。這時智者帶領塔米諾到來，倆人一見鐘情。

第二幕》

世界各地智者，為了解決日夜不調所引起的民生疾苦，紛紛前來加入薩拉斯妥，群聚苦思解決之道。薩拉斯妥告知他們，塔米諾若能通過考驗，日之國度的日輪便可以與帕米娜所擁有的夜之國度的月輪結合，世界便能恢復了。薩拉斯妥向天神祝禱，祈求賜給塔米諾力量。

兩位僧侶來為塔米諾和帕帕基諾準備。王子意志堅定，但捕鳥人則十分勉強。僧侶對帕帕基諾說：「你不是想要一個帕帕基娜？一個跟你相配的捕鳥女？」塔米諾和帕帕基諾順利通過第一個測驗。

多次騷擾帕米娜公主的摩諾斯塔托斯想趁公主入睡非禮她。夜后卻突然現身把他嚇跑。夜后認為塔米諾已經背叛了她。她拿出一把銀匕首來，強迫帕米娜殺了大祭司，不然母女永遠不會團圓。帕米娜向薩拉斯妥求情，請他放過母親。大祭司說：在這神聖的地方，只有愛和寬恕才能使人類得救。

塔米諾和帕帕基諾的第二個測驗是沉默。捕鳥人卻不理會王子使的眼色，吵著要喝水，於是來了一個樣子醜老太婆送水給他，醜老太婆自稱十八歲，情人叫帕帕基諾，一陣雷聲轟走了她。這時三位仙童把被魔笛和魔鈴帶來，又送了一桌酒菜，帕帕基諾邊吃邊喝又邊聒噪不休。塔米諾則吹著魔笛，心裡想著公主。帕米娜循笛聲到來，見到塔米諾，非常高興，然而王子卻因正受沉默測驗而開口，沉默讓帕蜜娜以為王子變了心，傷心而去。

雖然沒有通過第二次測驗，然而帕帕基諾只吵著要喝酒，因為這些有關世界什麼的話，還不如一杯好酒來得實在。他被留在洞穴裡，也得了一大杯酒。那位被大雷轟走的醜老太婆又出現了，並威脅如果帕帕基諾不答應娶她，那他就終生出不了這裡，帕帕基諾勉強答應了。小老太婆立即變身成一個年輕可愛的小姐且身穿捕鳥裝，名叫帕帕基娜。兩人正要相擁，帕帕基娜卻被僧侶帶走。

傷心欲絕的帕米娜公主，以為永遠見不到塔米諾了，想要用夜后給她的銀匕首自殺。三位仙童及時到來，告訴公主王子沒有變心，為了對人類的大愛，塔米諾已把自身性命置之度外。在帕蜜娜的陪伴下，塔米諾吹起魔笛，通過了火與水的考驗，脫胎換骨，成為日之男的一份子。

帕帕基諾四處找不到帕帕基娜，打算上吊。幸好三位仙童又趕到，並教他用魔鈴叫出了帕帕基娜。兩人快樂的計畫要生一大窩小孩。

摩諾斯塔托斯前去投靠夜后，並且帶領她們從地底密道進入薩拉斯妥神殿裡。在進到地底不久摩諾斯塔托斯誤觸機關，密道永遠被封死，夜后也就失敗了。在神殿裡，薩拉斯妥把大日輪傳給了塔米諾。眾人歡慶日輪與夜輪重新結合，世界的秩序也從此恢復了。